Con una superficie expositiva de más de 1.270 m2, el Museo consta de veinte salas, en dos plantas, dos de ellas donación de Micaela Mata y Francisco Caules. Entre sus fondos destaca una colección de armas donada por el Sr. Apellaniz, piezas de artillería de bronce de los siglos XVI, XVII Y XVIII depositadas por el Museo del Ejército, banderas y estandartes de los regimientos de Artillería e Infantería que se han disuelto en Menorca, maquetas de las fortificaciones de la isla, modelos de navíos, fragatas y el modelo de la Galera Real de don Juan de Austria.
Otras salas se dedican al puerto de Mahón y a la Marina (Almirante Miranda); al Castillo de San Felipe y sus arrabales (Felipe II); al periodo Eneolítico y a la Edad Media de Menorca (María Serra); a las dominaciones inglesa y francesa (Gobernador Kane); a las defensas y artillado de la Guerra Civil en Menorca (General Brabdaris); a la conquista de Menorca por las Armas Españolas (Carlos III); a la fortaleza de Isabel II en la Mola (Isabel II); a la Artillería, con piezas de óptica y tiro artillero, dirección de tiro Vickers de 38,1 cm, proyectiles de las baterías de costa y antiaéreas de Menorca, piezas artilleras y maquetas de baterías (General Bayarte); a las fortificaciones de Mallorca, Menorca e Ibiza (Carlos I) y al bicentenario (Paz de Amiens).
El Museo dispone también de una sala de conferencias y de una biblioteca.
