El fondo documental del Archivo Histórico del Real Instituto y Observatorio de la Armada se encuentra dividido en diez secciones, que intentan reflejar la denominación y contenido de los legajos que dieron origen al archivo, además de la evolución orgánica de la institución a lo largo de su historia. Estas secciones son: Dirección, Biblioteca y Archivo, Estudios Superiores, Astronomía, Efemérides, Hidrografía y Navegación, Geofísica, Hora, Ayudantía Mayor y Sección Económica
Como consecuencia directa de estos antecedentes que acabamos de comentar, el Real Instituto y Observatorio de la Armada conserva en la actualidad, entre los fondos mencionados, una interesante colección de cartografía de los siglos XVIII, XIX y XX.
La mayor parte de esta colección está compuesta por cartografía náutica publicada para uso de marinos y navegantes. El resto está formado por cartografía terrestre, principalmente mapas topográficos, militares y geológicos. La colección cartográfica del Observatorio es complementaria a otras dos importantes colecciones de cartografía náutica conservadas en centros de la Armada, las pertenecientes al Museo Naval de Madrid y al Instituto Hidrográfico de la Marina. Estas tres colecciones forman un conjunto de información cartográfica de carácter hidrográfico que podemos considerar único en España.
