El ingeniero general D. José Ramón Urrutia y de las Casas defendió la necesidad de que el Real Cuerpo de Ingenieros tuviera además de academia propia, un museo específico que ayudase a la comprensión y transmisión de los conocimientos para los futuros alumnos de Ingenieros. No obstante, y debido al afán centralizador de Godoy, en 1803, se crea en el Real Palacio de Madrid, el Real Museo Militar, antecedente más remoto del Museo del Ejército actual. Se trata de uno de los museos españoles más antiguos y responde al interés existente en la Europa de la época por la conservación y difusión de los objetos relacionados con la historia militar. En ese momento sus colecciones respondían a claros presupuestos didácticos, siendo uno de sus principales objetivos el apoyo para la formación de los soldados, proporcionando una enseñanza complementaria a las Academias Militares.
Por Real Orden de 9 de enero de 1827, se crea el Museo del Cuerpo Real de Ingenieros, siendo así el museo militar específico más antiguo de España. Por Real Decreto de 2 marzo de 1827, se produce la división del Real Museo Militar en dos secciones: el Museo de Artillería y el Museo de Ingenieros, con organización y funcionamiento propios. Otra Real Orden de 3 de julio aprueba el reglamento del Real Museo Militar correspondiente al Cuerpo de Ingenieros. El 21 de julio se aprueba el reglamento del Museo de Artillería.
En 1831 se instala el taller de litografía para estampación de planos. En este taller se hacían las láminas del material.
Desde 1833 (Academia de Ingenieros de Guadalajara) y hasta el momento actual (Academia de Hoyo de Manzanares) el museo específico del Cuerpo-Arma de Ingenieros ha estado siempre ubicado en la Academia de Ingenieros respondiendo a la finalidad didáctica del Museo en relación a la Academia, gracias a los esfuerzos de Balanzat, haciendo realidad las aspiraciones de Urrutia de las Casas: que el Cuerpo de Ingenieros tuviera Regimiento, Academia y Museo propios y con carácter estable.
En 1835, el recién nombrado ingeniero general D. Luis María Balanzat de Orvay da verdadera forma y sentido al Museo de Ingenieros. El Museo sigue desarrollándose hasta la noche del 9 de febrero de 1924, en que un pavoroso incendio destruyó casi por completo el edificio de la Academia de Ingenieros de Guadalajara. A consecuencia del siniestro, se perdieron los gabinetes de construcción, química, mineralogía, fotografía y física, y su contenido: aparatos de precisión y medida, piezas y modelos únicos, colecciones de minerales y fósiles, el archivo histórico de la institución, etc. Además, fueron pasto de las llamas otros dos fundamentales fondos patrimoniales: el Salón del Trono, donde se exponía una completísima colección de retratos de ingenieros militares; y la Biblioteca de la Academia, que contaba con una colección de más de 28.000 volúmenes, incluidos decenas de incunables procedentes de los fondos de la histórica Real Academia de Matemáticas de Barcelona.