La Colección museográfica tiene una zona de exposición permanente de 650 m2, dividida en doce áreas temáticas. Además, cuenta con un almacén visitable de 150 m2.
Sala I. El farmacéutico de uniforme
La doble función que el farmacéutico militar ha tenido que desempeñar, como científico y como militar, se muestra a través de una colección de uniformes entre los que destaca el primer uniforme que junto al fuero militar se concede durante el reinado de Carlos IV en 1796. La contribución a los avances de la ciencia ha sido efectuada en una amplia variedad de campos: bioquímica (José Rodríguez Carracido González), botánica (Pío Font i Quer), galénica (José Úbeda y Correal), entomología (Ricardo García Mercet), historia del arte y museología (J. Ezquerra de Bayo y García de Valladolid), biografía y bibliografía (Rafael Roldán). A los fallecidos en acto de servicio se les rinde homenaje en un espacio reservado.
Sala II. El origen de la Farmacia Militar
Hasta el siglo XIX los servicios farmacéuticos en los ejércitos eran prestados por los farmacéuticos que trabajaban al servicio de la Casa Real y es a partir de 1831 cuando se publica el Primer Reglamento de Farmacia Militar. En ese momento este servicio comienza a tener una identidad propia gracias, sobre todo, al farmacéutico de cámara Agustín José de Mestre y Rodríguez, uno de los hombres que más lucharon por enaltecer la profesión farmacéutica durante el siglo XIX.
Sala III. Laboratorio yatroquímico
Se recrea, a través de un audiovisual, los procedimientos de trabajo aplicados por el experto en Yatroquímica Vito Cataldo en el siglo XVII en el laboratorio de la Casa del Tesoro situada junto a la Real Botica en el Alcázar de Madrid. Con ello, se intentaba buscar un remedio alternativo y novedoso a la medicina tradicional que se aplicaba en aquellos momentos para tratar de sanar al Rey Carlos II.
Sala IV. La farmacia de hospital en el siglo XVIII
Se muestra el botamen de la Botica del Real Hospital de Ceuta. Fue la primera en depender de la Real Hacienda y sirvió de modelo a las farmacias que se fundaron posteriormente. Muestra una excepcional colección de cerámica farmacéutica de los siglos XVII y XVIII, así como los reglamentos originales, por los cuales era administrada.
Sala V. Industrialización del medicamento
Se expone la revolución terapéutica vivida en el la segunda mitad del siglo XIX, con la llegada de los primeros medicamentos industriales. A través de dos grandes fotografías se recrea la sala de máquinas del Laboratorio Central, en la calle Amaniel (1885-1927). Comienza la industrialización del medicamento. Los morteros manuales del siglo XVIII son sustituidos por los primeros morteros mecánicos industriales.
Sala VI. Farmacognosia
Puede verse en esta sala una completa colección de plantas medicinales, junto con una pequeña muestra de animales y una colección de minerales en la vitrina central. Los muebles y vitrinas de esta sala son de principios del siglo XX. Cobra un especial protagonismo el herbario y obras de Pío Font i Quer, farmacéutico militar, botánico y químico, que destacó como uno de los nombres más importantes de la ciencia botánica española de mediados del siglo XX. En la vitrina central puede verse la colección de quina, planta medicinal traída de América cuya distribución estuvo gestionada durante muchos años por la Real Botica.
Sala VII. La farmacia de campaña
Se muestran los orígenes de la farmacia de campaña, con la creación de los hospitales de campaña, adelantándose en más de un siglo a los ejércitos de su entorno. La pieza fundamental para la farmacia de campaña son los botiquines, y equipos de análisis químicos, toxicológicos y bacteriológicos. Destaca, entre todos, el Botiquín de Manila del siglo XIX. Además, se recrea un laboratorio de campaña.
Sala VIII. Laboratorio Central de Embajadores
El Laboratorio Central de la calle Amaniel se traslada a un laboratorio de nueva construcción en la madrileña calle de Embajadores en 1928. Con este laboratorio se consolida la fabricación del medicamento industrial. Tiene varias secciones claramente separadas: investigación, análisis, especialidades, inyectables, pomadas, químicos, galénicos, almacenes y material de cura. Se muestra una maqueta, acuarelas y las vidrieras originales del edificio.
Sala IX. Industria farmacéutica militar en el siglo XX
Se presentan los laboratorios de fabricación que estuvieron en funcionamiento una vez terminada la guerra civil española. Dentro de las formas farmacéuticas se le da un especial protagonismo al comprimido por estar íntimamente asociado a la industria, el inyectable y el material de cura. En esta sala pueden verse máquinas de la segunda mitad del siglo XX y una completa colección de medicamentos.
Sala X. Laboratorio de análisis de la Academia de Farmacia Militar
En esta sala se recrea, con las mesas originales, el laboratorio de la Academia de Farmacia Militar del Ejército de Tierra, que estuvo activo desde los años cincuenta hasta los ochenta del siglo XX. La industrialización del medicamento, mostrada en las anteriores salas, se produjo gracias a la evolución que han experimentado las técnicas analíticas mostradas en este laboratorio. Destaca la completa colección de balanzas de precisión y polarímetros.
Sala XI. Laboratorio de análisis (1980)
En este laboratorio que, como el anterior, perteneció a la Academia de Farmacia Militar, se exponen los muebles y los diferentes instrumentos de los años 80. El material de vidrio deja de tener un papel protagonista, como ocurría anteriormente, dando paso a unos instrumentos cada vez más precisos y sofisticados, que demandan una mayor especialización.
Sala XII. Farmacia Militar hoy
En la última sala, a través de medios audiovisuales, se exhiben los trabajos más importantes que desarrolla la Farmacia Militar en la actualidad. Se da un especial protagonismo a las funciones menos conocidas por la sociedad tales como la capacidad para la fabricación de antídotos y medicamentos no rentables en la industria farmacéutica privada o la generación de productos requeridos en emergencias sanitarias, sin vernos inmersos en la economía de mercado.
