Los fondos del Archivo Intermedio Militar de Baleares se estructuran en cinco agrupaciones siendo la de Mando y Administración territorial la que conserva los documentos de más antigüedad, desde el siglo XVIII. Los de las Unidades de la fuerza datan de principios del siglo XIX y los de Apoyo a la Fuerza comprenden los de los hospitales militares de Mahón y Palma. También se conservan los documentos relativos al Reclutamiento de Baleares. Finalmente, la colección, aunque no muy voluminosa, de partituras de música es especialmente interesante y contiene documentos desde 1792 a 1965.
