El Archivo Intermedio Militar de Melilla contiene más de 4000 unidades de instalación y sus fechas extremas van desde el siglo XVIII a la actualidad.
Sus fondos se estructuran en 4 grandes agrupaciones: Mando y Administración Territorial, Unidades de la Fuerza, Apoyo a la Fuerza y Reclutamiento, siendo la primera de ellas la que representa el mayor volumen de documentación y contiene los documentos más antiguos.
Los documentos producidos por la Comandancia General de Melilla (1910-2007), la Comandancia de Ingenieros de Marruecos y Comandancia de Obras de Melilla (1790-2004), la Comandancia de Artillería de Melilla (1921-1935), la Delegación General de la Alta Comisaría de España en Marruecos (1941-1956) y la Jefatura de Transmisiones (1942-1980) componen el conjunto de los documentos del Mando y Administración Territorial que cuenta con más de 2200 cajas.
Los documentos de las unidades de infantería (1893-1999), caballería (1911-1965), artillería (1951-1967) e ingenieros (1911-1965) de Melilla junto con el Décimo Cuerpo del Ejército (1942-1950) ascienden a más de 1600 cajas y constituyen la documentación de las Unidades de la Fuerza.
Los procedentes del Centro cultural de los ejércitos (1910-1967), documentos de apoyo logístico (1957-2005) y de los Servicios territoriales (1979-2005), suponen más de 120 cajas de la documentación de Apoyo a la fuerza.
Por último el Área de Reclutamiento de la Delegación de Defensa de Melilla ha transferido sus documentos de 1991 a 2007 a este archivo.
