Por Orden de 18 de abril de 1967 se aprueba la propuesta de creación y de ubicación del Archivo General Militar de Guadalajara en el antiguo Cuartel de San Fernando.
El solar que hoy ocupan los edificios del Archivo General Militar de Guadalajara estuvo ligado desde el siglo XV al Palacio del Infantado siendo su segundo duque quien eligió ese espacio para construir sus caballerizas privadas levantadas entre 1484 y 1487 por el arquitecto Lorenzo de Trillo. En el siglo XVII los Duques marchan a Madrid y nada se sabe de este solar hasta que en el siglo XVIII será ocupado por la Real Fábrica de Paños.
Diversas crisis, la más grave de ellas coincidente con la Guerra de la Independencia, llevaron al cierre de la misma, cesando en 1820 la producción de paños. Una Real Orden de 13 de septiembre de 1833 ordena el traslado de la Academia de Ingenieros desde Arévalo (Segovia) a Guadalajara, que se instalará en el edificio principal e inmuebles anexos de las antiguas fábricas reales hasta febrero de 1924, fecha en que quedó destruida por un incendio, así como su biblioteca y archivo. De este modo finalizaron noventa años de permanencia en los que, salvo el período entre 1837 y 1839 en que es trasladada a Madrid por las incursiones carlistas, se consolidará como centro superior de enseñanza y marcará la vida social de la ciudad.
Sobre los restos de la Academia se instalará más adelante el acuartelamiento de San Fernando (Ingenieros), cuyas instalaciones se remodelarán en 1967 tras la aprobación del Ministro de ubicar en ese lugar el Archivo General Militar que, como Archivo General del Ministerio en Guadalajara, descongestionará los fondos del archivo del Ministerio del Ejército en Madrid.
Comienzan entonces las obras para adecuar las instalaciones cuarteleras del siglo XIX, grandes estancias con techos altos, amplios ventanales con marcos de madera, sótanos y semisótanos abovedados con escasa ventilación, que antes eran los dormitorios de la tropa, comedores, cuadras a los nuevos usos y necesidades del Archivo. Se dotan de estanterías 8 salas para depósitos de documentación cuyo presupuesto asciende a algo más de tres millones de pesetas.
El archivo pese a las tareas de remozamiento y acondicionamiento que se vienen haciendo regularmente, conserva muchas de las características inherentes al uso anterior.
Actualmente la superficie del Archivo General Militar de Guadalajara es de 17.839 m2; de los cuales 8.637 m2 están construidos.
