Se trata de una exhibición con dos discursos, organizada en dos plantas. El primero, cronológico, cuenta la historia del Departamento Marítimo de Cádiz, desde sus orígenes hasta nuestros días. Se trata de un recorrido desde los primeros albores del siglo XVIII, a partir de 1717, como consecuencia de una reorganización del Estado con la llegada de Felipe V, primer monarca Borbón en España.
Continúa con su posterior traslado a la Villa de la Real Isla de León, hoy San Fernando, en 1768, y la importante labor de construcción naval que se llevó a cabo en la segunda mitad del siglo para conformar una destacada Armada acorde a su tiempo, impulsada por hombres de la talla del Marqués de la Ensenada y Antonio Valdés. El siglo XIX está representado a través de una serie de batallas navales enmarcadas en el contexto del período napoleónico, cuyo máximo exponente fue el sitio de Cádiz durante la guerra de independencia española, cuyas consecuencias se arrastraron a lo largo de todo el siglo.
Termina esta primera muestra con ejemplos de la Armada del siglo XX, su desarrollo tecnológico, y la plenitud alcanzada en su último tercio hasta nuestros días.
El segundo discurso expositivo sigue un esquema monográfico en función de todos aquellos objetos que muestran la cotidianidad del trabajo y de la vida en la Armada Española a lo largo de su historia. Son espacios destinados a exhibir parte de las colecciones más destacadas del museo, como son piezas de modelismo naval para conocer, a través de los modelos, la evolución de la navegación; uniformes y banderas más representativas de la Armada, además de objetos que sirven para entender la importancia de la formación de los marinos españoles a través de la Academia de Guardiamarinas dieciochesca, hoy día, Escuela Naval Militar, además de su buque escuela, el Juan Sebastián de Elcano. La Infantería de Marina, cuerpo más antiguo del mundo; especialidades como la Artillería Naval o el desarrollo de la sanidad naval gracias al Colegio de Cirugía de Cádiz en el siglo XVIII, son algunas de estas salas monográficas que se pueden contemplar.
Por último, la exposición concluye con un recorrido por los hechos y acontecimientos de la Historia de España impulsados por la Marina desde el área que comprende la Bahía de Cádiz, como es el caso de la Carrera a las Indias una vez descubierto el nuevo continente con todo lo que ello significó. La importante flota de galeras que fondeaba durante el invierno en el gaditano Puerto de Santa María, y desde donde partieron hacia Lepanto, sin olvidar lo que fueron las grandes expediciones de exploración del siglo XVIII, esenciales para la nueva cartografía e hidrografía científica y que contribuyeron en el conocimiento tanto de la morfología real de la Tierra como en la navegación.
