El Archivo Naval de San Fernando es el continuador, en sus funciones, competencias y cometidos, del antiguo Archivo General de la Zona Marítima del Estrecho, una vez que fueron suprimidas las Zonas Marítimas, que daban origen a la estructura territorial de la Armada.
El anterior Archivo General del Departamento Marítimo de Cádiz tenía su sede en la Escuela de Suboficiales, antigua Escuela Naval Militar, en San Fernando (Cádiz). El 2 de agosto de 1976, un incendio en el edificio destruyó prácticamente toda la documentación, excepto algunos expedientes personales de tropa de Infantería de Marina.
Entre la documentación desaparecida, figuraban los archivos de Cuba que contenían la información relativa a las provincias españolas en América del Norte, México, América Central y Puerto Rico, además de la propia de la Isla, parte de cuyos fondos se habían remitido al Archivo de San Fernando tras ser ocupada Cuba por Estados Unidos, en 1898. No obstante, una fracción de la documentación del Departamento de Cádiz se salvó gracias a las transferencias efectuadas al Archivo General de la Marina "Álvaro de Bazán". Tras el incendio, se habilitaron unos almacenes con carácter provisional, hasta la inauguración de la actual sede del Archivo, el 4 de mayo de 1984.
