El Archivo General e Histórico de Defensa fue creado por el Real Decreto 1674/2011, de 18 de noviembre y constituye uno de los ocho archivos históricos de la Defensa declarados Archivos Nacionales.
En 1977 se crea el Ministerio de Defensa como un único departamento que concentra las funciones y cometidos de los tres ministerios autónomos que concentraban la vertiente política de las Fuerzas Armadas hasta ese año. Como consecuencia, el Sistema Archivístico de Defensa nacido con el RD 2598/1998 quedó constituido por cuatro subsistemas: Subsistema Archivístico del Ejército de Tierra, Subsistema Archivístico de la Armada, Subsistema Archivístico del Ejército del Aire y Subsistema Archivístico del Órgano Central, en el cual se integra el Archivo General e Histórico de Defensa como su cabecera.
Creado mediante RD 1674/2011, de 18 de noviembre, su historia queda marcada por la identificación de los fondos documentales de las instituciones del ámbito del que se ocupa y su transferencia al archivo. También es relevante la previsión de crecimiento de sus fondos documentales.