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La documentación generada por los organismos y unidades de la Armada en Canarias era enviada al Archivo del Departamento de Cádiz, por ese motivo debió perderse en el incendio que destruyó aquel archivo, en 1976. Poco antes, se habían remitido desde Cádiz al Archivo General de la Marina Álvaro de Bazán, 111 legajos con la documentación de la Comandancia de Marina de Santa Cruz de Tenerife y provincia marítima de Canarias, de 1848 a1923 y al Archivo General de la Administración, en Alcalá de Henares, 63 legajos de la Zona Marítima de Canarias de 1936-1959, lo cual evitó su desaparición.

Aunque alguno de los fondos arranca de las últimas décadas del siglo XIX (Cuartel General de la Zona Marítima, Comandancia y Ayudantías de Marina, Centros Provinciales de Reclutamiento), la mayor parte de la documentación tiene fechas posteriores a 1940.

Las 5 agrupaciones documentales que se conservan en el archivo contienen documentos de las Fuerzas de Zona, de fechas comprendidas entre 1869 y 2006, destacando entre ellos los de Buques, Comandancias y Ayudantía de Marina que presentan los documentos de más antigüedad. Los relativos al apoyo a la fuerza naval se remontan a principios del siglo XX, al igual que los fondos de Reclutamiento procedentes de los Centros de Reclutamiento y Movilización Jurisdiccional, Reservistas y Centro de Reclutamiento y Movilización de las Palmas.

Importantes por su volumen, los fondos de Justicia Militar, están constituidos por las causas, procedimientos previos, expedientes judiciales y exhortos fiscalía, juzgados eventuales y expedientes disciplinarios y sancionadores así como expedientes administrativos procedentes del Tribunal Militar Territorial 5º, que alcanzan la cifra de 1714 legajos de entre 1940 y 1998, además de los producidos por el Juzgado Marítimo Permanente nº 7 de las Palmas (4 legajos) de 1962 a 1983.