El primer museo que se conoce ubicado en la Academia General Militar data de 1947 siendo el general director del centro, D. Santiago Amado Loriga. Por iniciativa suya y con el apoyo de Museo del Ejército y de instituciones zaragozanas se creó el Museo de los Sitios, filial del Museo del Ejército; finalmente por circunstancias que se ignoran se cerró en 1951.
Hubo que esperar hasta 1964 para que el general director D. Carlos Iniesta Cano abriera el denominado Museo de Recuerdos con una única sala en la ubicación actual. La segunda ampliación fue inaugurada solemnemente por SS.MM los Reyes de España el 15 de julio de 1983 y posteriormente hubo dos ampliaciones más, la más importante en 1992. Finalmente, en 1999 se completó su planta actual, con la incorporación de la sala de los Caballeros Laureados.
Esta colección museográfica trata de acercarnos a través de sus destacados fondos a la historia de la Academia General Militar y de sus antecedentes en los Colegios Generales del siglo XIX, de Cádiz, Segovia o Toledo, teniendo como hito más lejano la Academia Militar del Ejército de los Países Bajos, ubicada en Bruselas en 1674 y dirigida por el insigne alférez D. Sebastián Fernández de Medrano, destacado por su formación científica y táctica.
El pasado día 20 de febrero de 2017, coincidiendo con la celebración del 90 aniversario de la Academia en Zaragoza, la colección museográfica recibió la visita del SM el Rey Felipe VI.