Detalle de bandera combate Carlos V
Desde la aprobación del proyecto de museo en 1792 se reunieron objetos de interés cultural y científico, como cartografía histórica, modelos navales, instrumentos náuticos, etc., para conformar lo que serían las futuras colecciones.
No fue hasta dos siglos después, en 1992, cuando abrió sus puertas un museo naval en San Fernando, en el mismo edificio en el que estaba proyectado en el siglo XVIII, la Escuela de Suboficiales de la Armada.
El museo estuvo ahí ubicado hasta su traslado a su actual sede, en 2016, la Capitanía General de Marina del Departamento Marítimo de Cádiz, posteriormente Zona Marítima del Estrecho.