La ocupación de los depósitos es de cerca del 75%, lo que supone unos 3000 metros lineales, más de 12.000 cajas y 1800 legajos.
El cuadro de clasificación de fondos custodiados en el archivo se estructura en Unidades Activadas, Unidades Disueltas, Centros de Enseñanza y otros centros, Organismos de áreas de reclutamiento y hospitales y clínicas militares, Tribunales militares y fondos personales.
Los organismos que transfieren regularmente sus documentos son las Áreas de reclutamiento de Zaragoza, Teruel, Navarra, Gerona, Lérida, Huesca, Tarragona, Barcelona y Málaga. Así mismo, se han recibido los documentos de los hospitales o clínicas Militares de Barcelona, Lérida y la Clínica Psiquiátrica de San Baudilio de Llobregat así como los del Juzgado Militar de Pamplona.
