El Archivo Intermedio del MAGEN conserva toda la documentación producida por dicha Unidad y sus predecesoras, como la extinta Primera Región Aérea. Destaca su serie judicial, relativa a las causas relacionadas con el personal militar y civil de la Primera Región Aérea. Entre estos expedientes se encuentran solicitudes de documentación para poder ejercer los derechos derivados de la Amnistía política otorgada por el Gobierno de la transición española. También incluye documentación relativa a accidentes sufridos por personal y/o vehículos y aviones del Ejército del Aire.
Igualmente destaca su serie de personal, compuesta por hojas generales de servicios del personal militar de carrera y del personal civil del Mando Aéreo General y de las distintas Regiones Aéreas desde los años 30.
Otras de las series más voluminosas corresponden a la gestión económica y facturación de las UCOs del MAGEN. Algunas, bastante antiguas, como las salidas de Caja del Grupo de Transmisiones, cuyos primeros documentos datan de los años 40.
La única colección facticia del AIMAGEN se compone de fotografías encontradas de forma casual en varias de las dependencias de las UCOs del MAGEN. La mayor parte corresponden a actos oficiales, celebración de la patrona, juras de bandera, etc. Otras, más peculiares, inmortalizan escenas cotidianas desarrolladas en el ámbito de la vida militar.
Otras series relevantes: Eventos Sociales y Protocolo; Facturación y Contratación; Matriculación de Vehículos; y Misiones gestionadas por el MAGEN, incluyendo colaboraciones con la OTAN.