En origen el Archivo se ubicó en el desaparecido Acuartelamiento "El Revellín", para pasar después a la Agrupación Logística nº 23, en el Acuartelamiento "El Otero" y, posteriormente, al edificio de la antigua "Fábrica de Harinas" del Ejército.
Tras la creación en su momento del Centro Regional de Historia y Cultura Militar por la Comandancia General de Ceuta el Archivo inició el traslado a su actual sede en el Acuartelamiento "González Tablas", finalizando el mismo en diciembre del año 2009.
Actualmente depende orgánica y funcionalmente del Instituto de Historia y Cultura Militar a través del Centro de Historia y Cultura Militar de Ceuta.
El volumen de la información custodiada alcanza un total de 18.000 cajas y 11.000 legajos, que ocupan, aproximadamente 4802 metros lineales de estanterías.
