Entre sus fondos cabe destacar un cañón de hierro colado procedente del hundimiento de un barco de la escuadra francesa, así como otro de bronce de manufactura árabe, profusamente decorado y fechado en 1635.
La Infantería y la Caballería se hayan representadas en su colección, acogiendo diversos elementos procedentes del Regimiento Montesa nº 3. También cuenta con material diverso de Ingenieros y Transmisiones, destacando un heliógrafo utilizado para comunicarse a distancia aprovechando la luz solar procedente de una antigua Torre merinida del siglo XIV.
En la sala de artillería, situada en el ala izquierda del patio de armas, se ubica una culebrina portuguesa con el nombre de “Trueno”, fundida en Hamburgo en 1553. Formaba parte del armamento del Ejército lusitano del rey don Sebastián de Portugal, quien fue derrotado por los musulmanes en la guerra de los Tres Reyes, siendo recuperada tres siglos más tarde por los españoles en la batalla de Tetuán en 1860.
Otros fondos constituyen recuerdos de la historia militar de Ceuta, como una copia del pergamino de la medalla del mérito naval con carácter colectivo, otorgada por el rey Alfonso XIII a la ciudad por su brillante actuación en el desembarco de Alhucemas.
En su patio y terraza superior se exponen un obús del 105/30 “Vickers”, un carro avantrén de mortero de 120mm., cañones de bronce de la época de Felipe III (1613) y un lanzador de cohetes L-21-E-3.
