En el momento de su creación, por orden de 18 de abril de 1967, se transfieren los fondos de la antigua Sección 7ª de Personal de los Cuerpos, Personal de Tropa, del Archivo de Segovia, constituyéndose así el núcleo inicial del nuevo archivo. A partir de esa fecha, se irán recibiendo documentos hasta llegar a los más de 20.000 metros lineales que ocupa actualmente.
El Cuadro de Clasificación de los Fondos custodiados en el Archivo General Militar de Guadalajara se compone de 9 series: Milicias Provinciales de Canarias, con documentos de 1763 a 1886, Reclutamiento (Cajas y Zonas de recluta) de fechas extremas 1829-2000, Unidades disciplinarias (Batallones Disciplinarios de Soldados Trabajadores y Soldados Trabajadores Penados, Depósito de Concentración y Clasificación de Personal Extranjero de Miranda de Ebro y Campo de Concentración “La Alcazaba” Zeluán) de 1920 a 2008, Unidades Centros y Organismos (UCOS) con documentos de las prisiones Militares y las unidades de encuadramiento de 1771 a 2008, Territorios españoles de Guinea Ecuatorial de 1914 a 1968, Comisión Central de Examen de Penas de 1940 a 1977, Consejo Supremo de Justicia Militar de 1932 a 1988 y Dirección General de Mutilados, con documentos de 1910 a 2000 además de las series Facticias que están constituidas por documentos de 1689 a 1994, de Excluidos totales, fallecidos, zonas de reclutamiento, UCOS, listados de prisioneros de guerra (de 1937 a 1940) y extranjeros (1927 a 1981).
Al comenzar las obras de remodelación en 1967 ya conservaba el Archivo más de dos mil legajos con expedientes de reservistas que habían sido transferidos en 1966 y 1967 desde distintas Zonas de Reclutamiento.
En agosto de 1969 ingresa en el Archivo parte de la documentación repatriada de Guinea Ecuatorial tras su independencia en octubre de 1968, remitida por su Comisión Liquidadora, dependiente de Presidencia de Gobierno, y que contenía básicamente expedientes de reservistas y de la Guardia Colonial de esos territorios.
Desde 1970 comenzará a recibir regularmente desde todas las Zonas de Reclutamiento (desde 1986 Centros de Reclutamiento) los expedientes de reservistas o expedientes reglamentarios de tropa, que con anterioridad remitían las Zonas de Reclutamiento al archivo de Segovia. Desde entonces se ha continuado recibiendo anualmente la documentación del personal de tropa que pasa a la situación de licencia absoluta.
Entre 1981 y 1982 unos cinco mil legajos con expedientes personales de generales, jefes, oficiales, asimilados y personal civil y expedientes de la Instrucción Preliminar superior (IPS) recibidos en Guadalajara procedentes de centros y unidades militares del Ejército de Tierra fueron remitidos a Segovia. La falta de espacio en el Archivo General Militar de Segovia impulsó la transferencia, entre 1981 y 1984, al de Guadalajara de parte de la antigua Sección 7ª del archivo, más de quince mil legajos con expedientes de Zonas de Reclutamiento y Cajas de Recluta, además de dos mil legajos con expedientes del grupo de fondos de batallones disciplinarios y los expedientes de extranjeros recluidos en el Campo de Concentración de Miranda de Ebro.
En 1985 la Asesoría Jurídica del Ejército envía el archivo de la Comisión Central de Examen de Penas y en ese mismo año se reciben los testimonios del Consejo Supremo de Justicia Militar.
Desde los años noventa se recibirán, además, los expedientes personales de las UCOS disueltas (Unidades, Centros y Organismos); expedientes de mutilados fallecidos desde la Dirección General de Mutilados, y desde el 2000 expedientes de reclusos (prisiones militares de Montjuich, Alcalá de Henares y Santa Catalina), expedientes de moros (Guardia Mora) y expedientes de europeos del Regimiento de la Guardia del Jefe del Estado (Guardia Real), expedientes procesales del Campo de Concentración La Alcazaba de Zeluán, así como el fondo de la 1ª Agrupación de Batallones Disciplinarios de Soldados Trabajadores Penados (Agrupación de Marruecos), éstos últimos transferidos en 2011 desde los Archivos Intermedios Militares de Melilla y Ceuta.
En la actualidad, los ingresos de fondos que se reciben en el Archivo General Militar de Guadalajara, proceden, en su mayoría, de los archivos intermedios, aunque también se reciben expedientes reglamentarios a intercalar que producen las Áreas de Reclutamiento de las Delegaciones y Subdelegaciones de Defensa.
