El volumen de la documentación que se conserva en el Archivo Central del Cuartel General de la Armada, asciende a un total de 9.000 metros lineales, de los que aproximadamente 6.000 se encuentran en Alcalá de Henares debido a la saturación de los depósitos documentales a comienzos de los años 70. Desde entonces, el Ministerio de Marina llegó a un acuerdo con el Ministerio de Educación para remitir documentos en calidad de depósito al Archivo General de la Administración, lo que desde 1974 hasta 1995 ha venido sucediendo sin interrupción.
Los fondos procedentes fundamentalmente de los organismos radicados en la antigua Jurisdicción Central, abarcan también aquellos que proceden de las distintas demarcaciones marítimo-administrativas configuradas en torno a las principales bases navales (Ferrol, Cartagena, San Fernando y Canarias).
Sus fechas comprenden un amplio abanico cronológico, arrancando desde mediados del siglo XIX, si bien el grueso de la documentación se inicia con posterioridad a la Guerra Civil.
Custodia también, en régimen de depósito del Tribunal Militar Territorial 1º de Madrid, documentación judicial de la Jurisdicción Central y de la Auditoría de la Flota referente a personal de la Armada.
