El Archivo Central del Cuartel General de la Armada tiene su origen en el Archivo de la antigua Secretaría de Estado y del Despacho de Marina. Empezó a cobrar entidad a mediados del siglo XVIII, coincidiendo con la etapa en que D. Julián de Arriaga ocupó las Secretarías de Marina e Indias (1754-1776). El 1 de octubre de 1767 se creaba la plaza de archivero de la Secretaría y diez años después, se creaba también la de oficial de archivo.
En el año 1873, como resultado de una reorganización del Ministerio, el Archivo cambió su nombre de “general” de Marina por el de “central” de Marina, encuadrándose en la Secretaría General.
Su Reglamento, redactado por el capitán de fragata don Francisco Carrasco y Guisasola, y aprobado por Real Orden de 7 de enero de 1885, es uno de los más antiguos reglamentos de archivos militares del mundo.