La disposición de su creación establecía que el Archivo “clasificaría y custodiaría todos los documentos de más de treinta años de antigüedad producidos por el Ejército del Aire” considerándolos desde ese momento de valor histórico. Esta antigüedad se rebajaría posteriormente a veinte años, adecuándola a la entonces vigente reglamentación sobre archivos militares.
En el momento de su creación, el Archivo Histórico del Ejército del Aire dependía de la Subsecretaría del Aire. Con la reorganización del Ejército del Aire en 1978, tras la supresión del Ministerio, y la creación del Ministerio de Defensa, se incorpora al Museo del Aire como una Subdirección del mismo. En esta situación pasarían ambos hasta que en 1983 comienzan a depender del Servicio Histórico y Cultural del Ejército del Aire (SHYCEA). En 1995 el Archivo Histórico se separa del Museo del Aire, y tras la reestructuración del Servicio, queda dependiente orgánicamente de él a través del Instituto de Historia y Cultura Aeronáutica (IHCA). Con la publicación del Real Decreto 2598/1998, de 4 de diciembre, del nuevo Reglamento de Archivos Militares, el Archivo Histórico del Ejército del Aire, se sitúa en la cabeza del Subsistema Archivístico del Ejército del Aire, quedando éste configurado mediante la Instrucción General 10-22 que fue sancionada por el Jefe de Estado Mayor del Aire el 15 de septiembre de 2004 (3ª enmienda de 18 de junio de 2015).
Desde su origen, el Archivo Histórico del Ejército del Aire viene recibiendo fondos del Archivo General del Ministerio de Aire (y del Cuartel General del Aire después), de los archivos de las Bases Aéreas, de las Jefaturas, de las Regiones y Zonas Aéreas, y en algunos casos, directamente desde las unidades del propio Cuartel General o de las Regiones. Sus fondos se acrecientan gracias a las transferencias de documentación y a los ingresos extraordinarios (debidos al cierre de unidades, donaciones, recogidas, etc.).
Sus más de 7.000 metros lineales de documentación, constituyen una fuente de primer orden para el estudio de la aviación española, la Guerra Civil, la industria aeronáutica militar, las relaciones internacionales, la política de defensa nacional, y en definitiva, de la historia militar.
