El Archivo Intermedio Militar Sur se creó inicialmente con la denominación de Archivo Regional de la Región Militar Sur, con arreglo a la Norma General 5/95 (Estado Mayor del Ejército 5ª División), de 20 de noviembre de 1995, sobre Organización de los Archivos Regionales.
Su finalidad inmediata fue la de recoger el patrimonio documental de las unidades, centros y organismos disueltos por aplicación del Plan NORTE (Nueva Organización del Ejército de Tierra) en la demarcación territorial de la Región Militar Sur, como paso previo al establecimiento de los archivos intermedios previstos en el proyecto de nuevo Reglamento de Archivos Militares, entonces en fase de tramitación. Tras su aprobación (Real Decreto 2598/1998, de 4 de diciembre), pasó a constituirse en Archivo Intermedio de la Región Militar Sur, formando parte del Subsistema Archivístico del Ejército de Tierra.
Desde 2002, con la desaparición de la estructura territorial de los Ejércitos, quedó integrado en la Segunda Inspección General del Ejército, formando parte del Centro de Historia y Cultura Militar de ésta.
El Archivo se ubicó primero en el Acuartelamiento "Camposoto", en San Fernando (Cádiz) y en 1999 se dispuso su traslado a Sevilla. Sin embargo, dicho traslado no se llevó a efecto hasta marzo de 2001, fecha en que quedó instalado en su nueva sede del Acuartelamiento de "La Borbolla", en Sevilla.
