La nueva instalación cuenta con cinco espacios expositivos:
BURGOS, PLAZA MILITAR: A la entrada, un gran desfile militar en miniatura nos da la bienvenida y una maqueta nos muestra el valor y el esplendor del que hoy es solo un lugar de esparcimiento ciudadano: el Castillo de Burgos.
LA VIDA MILITAR: En este espacio, uniformes, militaria, instrumentos científicos, material de transmisiones y de sanidad nos hablan de la evolución del Ejército y de la diversidad de la profesión militar a través del tiempo. Entre las piezas que se muestran destaca una máquina de cifrado Enigma que se ha incorporado para la ocasión a la colección permanente del museo.
EL EJÉRCITO EN BURGOS: Hoy han desaparecido muchas unidades y cuarteles familiares para los burgaleses y que en otro tiempo formaban parte de la vida y la fisonomía de la ciudad, pero su recuerdo permanece en el Museo a través de imágenes, objetos artísticos y enseñas. Entre ellos, un gran cofre, obra del orfebre local Maese Calvo, destinado a contener el Libro de Caídos del Regimiento San Marcial.
ACCIONES DE GUERRA: Esta sección se dedica a los episodios históricos más recientes en los que han participado nuestros Soldados y a la labor que hoy realiza nuestro Ejército. Se muestran en ella tres piezas emblemáticas, lo que supone una buena ocasión para conocerlas: un cuadro de Mariano Bertucci de temática africana, la navaja atribuida al guerrillero Juan Martín «El Empecinado» y un Dolman perteneciente a Jerónimo Merino, «El Cura Merino», ambos destacados protagonistas de la Guerra de la Independencia.
SALA DE ARMAS DE FUEGO PORTÁTILES
Se muestra aquí una importante colección de armas de fuego portátiles, explicando sus características y evolución tecnológica a través de los tiempos. Se encuentran representadas armas de “avancarga” y “retrocarga”, de mecha y cartucho, de ánima lisa y rayada, de un solo tiro o de repetición manual, de autocarga, automáticas y semiautomáticas. Mecanismos que distintos inventores y patentes han ido sofisticando al compás de los tiempos, tanto en el armazón como en la acción de liberación del proyectil y los calibres de éstos.
SALA DE BANDERAS Y ESTANDARTES DEL EJÉRCITO ESPAÑOL: Esta sala, la más cargada de simbolismo, permite descubrir la evolución de la Enseña Nacional a través de las banderas y estandartes que enarbolaron diferentes unidades asentadas o vinculadas con Burgos.