La documentación del Archivo Naval de Cartagena está organizada en dos secciones, la Histórica (siglo XVII-1920) y la Contemporánea (siglo XX, aunque algunas series contienen documentos del siglo XIX).
La sección Histórica está compuesta básicamente por los documentos generados por la antigua Contaduría Principal de Marina del Departamento de Cartagena, desde su creación hasta 1930 aproximadamente, con un volumen de alrededor de 3000 legajos, por una colección de 135 volúmenes de Libros Antiguos de los siglos XVIII y XIX, y por el Fondo de la Junta Económica, con una producción documental que abarca desde sus orígenes en 1772, hasta 1905.
El Archivo cuenta también con una colección de más de 8000 cartas náuticas españolas y unas 3500 cartas de distintos países, desde el siglo XVIII hasta nuestros días, correspondiente el mayor volumen a la segunda mitad del siglo XIX y primer tercio del XX.
El conjunto se completa con una colección de derroteros españoles y extranjeros, libros de navegación, astronomía, faros, almanaques náuticos, etc. Existen también planos de buques construidos en el Arsenal de Cartagena, durante los siglos XVIII al XX, de edificaciones, maquinaria, etc.
