El Archivo conserva fondos desde el siglo XVIII hasta nuestros días y cuenta con un total de más de 7.000 unidades de instalación. La documentación administrativa se estructura en 11 secciones y es un reflejo de la organización y funcionamiento del Instituto Hidrográfico de la Marina: Dirección, Sección de Cartografía, Sección de Hidrografía, Sección de Navegación, Sección de Oceanografía, Centro de Cálculo, Sección de Meteorología, Escuela de Hidrografía, Sección Económica, Sección Industrial, Ayudantía Mayor y Detall.
El archivo histórico conserva cerca de 1.000 planchas de cobre, 5.000 cartas náuticas, así como un número considerable de parcelarios, minutas, memorias y fotografías, fundamentales para la historia de la navegación española.
