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El Archivo Histórico de la Armada, sede JSE, custodia fondos documentales correspondientes a la Secretaría de Estado y Ministerio de Marina, Vicaría Episcopal de la Armada y Dirección de Hidrografía abarcando un período cronológico de fines del siglo XVIII al XX. En 2023 se han incorporado los fondos del Ministerio – alrededor de ocho km.- que se encontraban depositados en el Archivo General de la Administración en Alcalá de Henares: Estado Mayor, Intendencia, Personal, Dirección de construcciones navales, asesoría Jurídica, Dirección de asuntos económicos e intervención, Apoyo Logístico, Servicio exterior -agregadurías navales-  y la Flota.

Entre los fondos más antiguos podemos destacar la sección de “Expediciones”, con las campañas y viajes a las Indias –América y Filipinas, principalmente- y Europa emprendidas entre 1783 y 1898, los expedientes de ingreso en las reales compañías de guardiamarinas y Escuela Naval Militar y los expedientes personales de los oficiales de guerra.

Se conserva asimismo un extraordinario fondo cartográfico, fundamentalmente cartas náuticas, dibujos de expediciones científicas, proyectos de ingeniería y planos de buques de guerra de los siglos XVIII al XX destacando los manuscritos de los principales constructores e ingenieros navales. Contiene, además, un importante archivo fotográfico histórico.

Cuenta entre sus fondos con las colecciones de Fernández de Navarrete, Sanz de Barutell, Vargas Ponce), copias de documentos de los siglos XII al XVIII imprescindibles para el conocimiento de la historia de la Armada medieval y moderna; también con colecciones de documentos procedentes de donaciones y depósitos de particulares (Enrile, Fernández Duro, Mazarredo, Zalvide, Vázquez de Figueroa), que contienen la documentación oficial generada durante los siglos XVIII y XIX en el desempeño de sus comisiones militares y diplomáticas en Europa, América y Filipinas, fundamentalmente.