La sede actual del archivo es el fruto de la rehabilitación de un edificio que albergaba el comedor, la cocina y los repuestos de la Plana Mayor del Regimiento Mixto de Artillería nº 93. En él se han ubicado las salas técnica y de investigadores y los dos depósitos de fondos con 6000 metros lineales. El resto del archivo, dirección, secretaría y almacenes se encuentra en la Batería Anexa, fortificación moderna según proyecto del comandante de Ingenieros Luis Durango y Carreras de 3 de diciembre de 1895.
En el cuartel de Almeyda, donde se ubica el Archivo Intermedio Militar de Canarias, se encuentran todos los órganos del Centro de Historia y Cultura Militar de Canarias constituyendo el Centro Socio-Cultural del Ejército de Tierra en Santa Cruz de Tenerife.
La sede de la Capitanía General de Canarias estuvo inicialmente en Las Palmas de Gran Canaria. Los Capitanes Generales residieron pocas décadas allí y, ya en 1656, el Capitán General D. Alonso Dávila decidió trasladarse a Tenerife, aunque el primer Capitán General que recibió licencia para poder determinar la isla de residencia fue D. Jerónimo de Benavente en 1661 y utilizó la sede, después Casa de los Capitanes Generales, en La Laguna. A principios de 1723, el Comandante General del Archipiélago, D. Lorenzo Fernández de Villavicencio y Cárdenas, ordenó su traslado desde La Laguna a Santa Cruz de Tenerife, situándola en el Castillo de San Cristóbal.
A partir de ese momento la sede de la Capitanía General pasará por diferentes edificios hasta que en 1878, con la llegada del Teniente General D. Valeriano Weyler, se dio el impulso necesario para la construcción del edificio de la Capitanía General de Canarias. Sin embargo, el archivo histórico de la Capitanía, quedó ubicado en el Castillo de San Cristóbal hasta que en el año 1926 se inició su desalojo trasladándolo al palacio de Capitanía, pero gran parte de la documentación fue abandonada en los patios del castillo y actualmente, se conserva en la Biblioteca Municipal de Santa Cruz de Tenerife, en la Biblioteca Universitaria de La Laguna y en la Real Sociedad Económica de Amigos del País de Tenerife.
En 1995, el Estado Mayor del Ejército (División de Planes y Organización), dictó la Norma General 5/95 (Estado Mayor del Ejército. 5ª División) sobre organización de los Archivos Regionales, con el objeto inmediato de que, con carácter provisional, éstos asumiesen la gestión de los bienes documentales e histórico-artísticos procedentes de las UCOS (Unidades, Centros y Organismos) disueltas, como paso previo a la creación de los Archivos Intermedios previstos en el nuevo Reglamento de Archivos Militares entonces en fase de tramitación.
Por Resolución 562/6962/98, de 22 de mayo (Boletín Oficial de Defensa nº 10), se constituyó el Cuartel General del Mando de Canarias, del cual formaba parte el Centro de Historia y Cultura Militar, constituido por el Museo, Biblioteca y Archivo Regional y por IP. C 198-1 (Instrucción Particular de Capitanía), se constituyó el Cuartel General del Mando de Canarias, entrando en vigor el 1 de julio de 1998. Actualmente el archivo depende orgánica y funcionalmente del Instituto de Historia y Cultura Militar.
A comienzos de abril de 1999, el General Jefe del Estado Mayor del Cuartel General del Mando de Canarias, ordenó que se iniciasen los trámites para el traslado del personal del Archivo Regional Militar y parte del Archivo Histórico existente en el Negociado de Hojas del Palacio de Capitanía. El 9 de abril de 1999, el Centro de Historia y Cultura Militar dio traslado a la orden del Jefe de Estado Mayor, iniciándose el cambio de ubicación a los locales rehabilitados a tal fin en la Urbanización "La Florida", en La Cuesta (La Laguna), operación que se finalizó el 3 de mayo de 1999.
En julio de 2005 se decide el traslado del Archivo con el fin de reunir todos los órganos del Centro de Historia y Cultura Militar de Canarias y crear así un Centro Socio-cultural del Ejército de Tierra en Santa Cruz de Tenerife, con sede en el Cuartel de Almeyda donde se encuentra actualmente, ubicado en la antigua Huerta de los Melones, verdadero balcón a la bahía de Santa Cruz de Tenerife. Sus instalaciones principales son fruto de la rehabilitación de un edificio que albergaba comedor, cocina y repuestos de la Plana Mayor de Regimiento Mixto de Artillería nº 93. La inauguración tuvo lugar el 26 de mayo de 2006.
