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El cuadro de clasificación de los fondos custodiados en el Archivo Intermedio Militar de Ceuta consta de cinco grandes agrupaciones documentales.

La primera de ellas, de Mando y Administración Territorial, comprende los documentos procedentes de la Comandancia General de Ceuta, de fechas extremas 1876 a 1995, con un volumen total de más de 2500 cajas y 2588 legajos, del Cuartel General de la Jefatura de las Fuerzas Militares de Marruecos desde 1906 a 1968 (más de 4200 cajas y casi 600 legajos), del Gobierno Militar de Ceuta con un total de 47 cajas y 212 legajos, la Comandancia de Ingenieros (de 1723 a 1981, casi 2000 cajas y 70 legajos) y de las Comandancias de Artillería de Ceuta y melilla así como de la Jefatura de Artillería.

La segunda, de las Unidades de la Fuerza, comprende documentos de Infantería (de 1890 a 1994, cerca de 5800 cajas y casi 5500 legajos) procedentes del Tercio de la Legión, de las Fuerzas Regulares Indígenas Regimientos y Batallones de Infantería y de Cazadores de la zona y del Grupo de Tiradores de Ifni. Los documentos procedentes de Caballería corresponden a los producidos por el Grupo de Fuerzas Regulares Indígenas Tetúan nº 1, Regimiento de Caballería Acorazado Montesa nº 3 y Brigada Ligera de Caballería Montesa. Los procedentes de las unidades de Caballería ascienden a 58 cajas y más de 450 legajos, de diversos regimientos de Artillería de Ceuta, Costa de Marruecos y del Grupo Independiente de Artillería Antiaérea.

La tercera, de Apoyo a la Fuerza, está constituida por documentos de Apoyo Logístico, maestranzas de Artillería de Ceuta y Tetuán, Servicios Territoriales y la Asociación de Huérfanos y Viudas de los Ejércitos.

Por último, Reclutamiento se nutre de los documentos producidos por el centro de Reclutamiento de Ceuta, desde 1997 a 2009 y la última, de Justicia Militar contiene las causas y procedimientos judiciales instruidos desde 1903 a 1967, cerca de 2500 cajas, del Juzgado Togado Militar Territorial 26.