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El Archivo Naval de San Fernando es uno de los cinco archivos intermedios que forman parte del Subsistema Archivístico de la Armada, definido por el vigente Reglamento de Archivos Militares (Real Decreto 2598/1998, de 4 de diciembre).

Depende orgánicamente del Instituto de Historia y Cultura Naval, a través de la Dirección del Subsistema Archivístico de la Armada. El volumen de sus fondos asciende a más de 24.000 legajos, que ocupan alrededor de 6.350 metros lineales de estantería.

Es el continuador, en sus funciones, competencias y cometidos, del antiguo Archivo General de la Zona Marítima del Estrecho, una vez que fueron suprimidas las Zonas Marítimas, que daban origen a la estructura territorial de la Armada.

El anterior Archivo General del Departamento Marítimo de Cádiz tenía su sede en la Escuela de Suboficiales, antigua Escuela Naval Militar, en San Fernando (Cádiz), en un edificio contiguo al Panteón de Marinos Ilustres. El 2 de agosto de 1976, un incendio en el edificio destruyó prácticamente toda la documentación, excepto algunos expedientes personales de tropa de Infantería de Marina.

Tras el incendio, se habilitaron unos almacenes con carácter provisional, hasta la inauguración de la actual sede del Archivo, el 4 de mayo de 1984.

Se encuentra emplazado en la Población Militar de San Carlos, en San Fernando (Cádiz), ocupando el semisótano de un edificio que alberga el Juzgado Togado Militar Territorial nº 22, El Juzgado Marítimo Permanente nº4 y la Asesoría Jurídica en la Bahía de Cádiz.