Los fondos históricos más importantes proceden en su mayoría de diversas exposiciones nacionales e internacionales, que desde comienzos de los años veinte, había presentado la Farmacia Militar. La idea de crear una institución museística específica de Farmacia estuvo presente en muchos de los farmacéuticos militares en la citada década.
La institución se crea porque a finales del siglo XIX y principios del XX, se produce un giro radical en las funciones que el farmacéutico tiene asignadas como profesional y comienza, a partir de ese momento, a jugar un papel protagonista en la nueva industria del medicamento, en el análisis, la toxicología y otros campos. Surge entonces la necesidad de dar a conocer a la sociedad estas nuevas funciones y así, recuperar el prestigio profesional que, desde mediados del siglo XIX, el farmacéutico había perdido con la llegada del medicamento industrial.
El impulso definitivo para su creación se consigue gracias al general Rafael Roldán y Guerrero quien ya desde su destino en África como capitán en 1925 fue reuniendo objetos que formarían parte de la iniciada colección.
La Colección museográfica tuvo sucesivas ampliaciones en su anterior ubicación de la calle Embajadores de Madrid antes de su traslado, junto al Centro Militar de Farmacia, a la sede actual. En su nueva ubicación, ha renovado toda su museografía y ha cambiado su discurso museológico, haciendo un recorrido cronológico a través de las colecciones.
