Con un objetivo estrictamente docente, comenzó siendo un Gabinete Anatómico que llegó a atesorar una riquísima colección de piezas que, por la mano de un artista, eran la reproducción fiel de piezas de anatomía humana normal o patológica, lo que constituía un excelente medio de enseñanza práctica. Bajo la dirección de don Cesáreo Fernández Losada, Subinspector de 2ª Clase del Cuerpo de Sanidad Militar y con don Enrique Zofio como escultor-pintor, en 1884 tenía catalogadas 1.036 piezas elaboradas con cartón-piedra, escayola, pasta cerámica y cera, además de algunas piezas naturales. Sus colecciones siguieron creciendo hasta el incendio del Hospital en 1889 y la consiguiente pérdida de parte de sus piezas. Las que se salvaron fueron trasladadas al nuevo Hospital Militar de Madrid-Carabanchel que comenzó a ocuparse en 1896.
Por Real Orden circular de 16 de octubre de 1900, se crea el Museo del Cuerpo de Sanidad Militar con las secciones de Historia, Anatomía-Patológica, de Higiene y de Material Sanitario y, por la Real Orden circular de 15 de febrero de 1902 se aprueba el Reglamento de dicho Museo.
