Los fondos museográficos conservados en el museo tienen que ver directa o indirectamente con la historia de Melilla y de sus unidades.
El museo cuenta con dos salas de exposición, una principal en la que se observan zonas temáticas: vexilología, armamento, uniformología, etc., y otra sala de exposiciones temporales.
Dispone, además, con tres terrazas, desde donde se pueden divisar las mejores vistas de Melilla y su entorno como el monte Gurugú, el Atalayon, la mar Chica, islas Chafarinas, etc.
Destacan fondos como la réplica de la maqueta de la Plaza de Melilla de 1846 en la que se muestra la configuración de la Plaza con los cuatro recintos, con una gran exactitud en la confección e identificación de todos los edificios, baterías, fuertes, incluidos los ataques enemigos y el sistema planteado de minas y contraminas, así como los itinerarios subterráneos para acudir de un recinto a otro; la silla de montar original de la reina Isabel II; la máquina de cifrado enigma alemana empleada para las comunicaciones entre el Estado Mayor y la División Azul española, o la colección de cincuenta y siete sellos de la primera franquicia militar (años 1893-1894), entre otros.
