El Archivo Intermedio Militar de Canarias conserva el fondo histórico de la Capitanía General de Canarias con documentos que datan desde el siglo XVII hasta el XX entre otros.
Como otros archivos Intermedios, el Cuadro de Clasificación de Fondos del Archivo Intermedio Militar de Canarias cuenta con las tres grandes secciones de: Mando y Administración Territorial, Unidades de la Fuerza y Apoyo a la Fuerza.
La primera de ellas, de Mando y Administración Territorial cuenta con más de 7700 cajas, 140 legajos y libros de fechas comprendidas entre 1673 y el año 2009. Se estructura en 18 subdivisiones entre las que encontramos las de los documentos de la Capitanía General de Canarias (casi 5000 cajas), la Comandancia de Obras de Tenerife (más de 400) y de la Comandancia y Jefatura de Artillería de Canarias (37) con las fechas extremas de más antigüedad.
La segunda sección, de Unidades de la Fuerza, cuenta con más de 500 cajas y 2220 libros de fechas extremas 1800 a 2007 relativas a regimientos de Infantería Ligera de Tenerife, Canarias, Soria nº 9, regimientos de artillería de Campaña y el Batallón de Helicópteros de Maniobra como Unidades Especiales.
La serie de Apoyo a la Fuerza contiene 1191 cajas y 808 libros con documentos de 1867 a 2010 entre los que se encuentran los producidos por el Hospital Militar del Rey desde 1887, del Parque y Talleres de Automovilismo de Canarias, de la Agrupación de Apoyo Logístico, los Servicios Territoriales de instrucción y servicios de acuartelamiento, unidades de apoyo y de servicios así como del Centro de Instrucción de reclutas nº 5. Los documentos de Reclutamiento de distintas zonas de reclutamiento y reserva de La Palma, Santa Cruz de Tenerife y La Gomera son únicamente 6 cajas de documentos de entre 1903 y 1924.
