La Armada ha contado hasta el año 2023 con dos archivos históricos. El Real Decreto 33/2023 de reorganización de ambos, contempla la reordenación y ubicación de sus fondos documentales en un único archivo, el Archivo Histórico de la Armada, con dos sedes: "Juan Sebastián de Elcano" (Madrid) y "Álvaro de Bazán" (Viso del Marqués, Ciudad Real). En virtud del citado decreto, el antiguo Archivo del Museo Naval, creado en los años 30 del siglo XX con los fondos de la Dirección de Hidrografía, cambia su denominación por la de Archivo Histórico de la Armada, sede Juan Sebastián de Elcano.
La sede “Juan Sebastián de Elcano” (JSE) culmina un deseo anhelado por la Armada durante largo tiempo: disponer de un nuevo edificio, construido ex profeso, para custodiar, conservar y divulgar el extraordinario patrimonio documental generado y acumulado a lo largo de tres siglos por la Marina española. Las nuevas instalaciones de Madrid han permitido la concentración de fondos dispersos hasta entonces en varios centros (Archivo del Museo Naval, Cuartel General de la Armada y Archivo General de la Administración, en Alcalá de Henares). La reordenación de fondos, puesta en marcha desde la publicación del Real Decreto, permitirá una gestión más eficaz y beneficiosa para el patrimonio documental y para los investigadores y usuarios de ambos centros.
La nueva sede JSE consta de tres edificios: (1) recepción, tratamiento de documentación y sala de investigadores; (2) depósito de documentación con capacidad aproximadamente para 15 km lineales; (3) un tercer edificio destinado para administración. El archivo dispone de red informática extranet e internet, aplicaciones específicas de custodia y control documental, sala de investigación con 20 puestos individuales de consulta, ampliable hasta 28 puestos, taller de restauración de papel y servicio de reprografía. Los tres edificios cumplen con las condiciones de accesibilidad tanto para trabajadores como usuarios.