El volumen de los fondos custodiados por el Archivo asciende a 3963 metros lineales que suponen 19825 Unidades de Instalación, de las cuales, 3727 son planos y mapas. Las fechas extremas están comprendidas entre 1828 y 2016.
Los fondos se estructuran en 5 agrupaciones documentales: Mando y Administración Territorial, Unidades de la Fuerza, Apoyo a la Fuerza, Reclutamiento y Mapas y Planos.
La primera de ellas, de Mando y Administración Territorial, contiene más de 1.000 cajas procedentes del Mando Regional Sur, 2ª Subinspección General del Ejército, Gobierno Militar de Málaga, Jefatura Logística Regional o Jefatura del Mando de Adiestramiento y Doctrina.
La de las Unidades de la Fuerza contiene documentos de Infantería, Artillería, Caballería e Ingenieros de diversas divisiones, brigadas, regimientos, batallones, grupos y compañías desde 1904 a 2007.
Los documentos de Apoyo a la Fuerza proceden de Centros de Enseñanza, Apoyo logístico, unidades de Servicios Territoriales, el propio Archivo Intermedio Militar Sur, la Biblioteca Militar de Sevilla, el Club Social y Deportivo Hispalis y la residencia Castañón de Mena en Málaga.
Los documentos de Reclutamiento provienen de centros de Movilización, activación de Unidades y de los centros de reclutamiento de Almería, Cádiz, Córdoba, Ceuta, Granada, Huelva, Jaén, Málaga, Melilla, Murcia y Sevilla así como los expedientes de MPT que causaron baja en las Fuerzas Armadas y de reservistas voluntarios del siglo XX y XXI.
Los Mapas y Planos son más de 3.700 unidades con fechas extremas 1741 y 1996.
