La Colección Museográfica cuenta en la actualidad con una exposición permanente de 220 fondos dispuestos a lo largo de siete salas que rodean el patio del palacio. La mayoría proceden de la antigua Academia de Intendencia y del Museo del Ejército de Madrid, así como por donación o depósito de particulares.
Un audiovisual recibe al visitante para explicarle, de una manera amena y didáctica, la historia del Cuerpo de Intendencia y sus principales misiones.
La sala dedicada a los orígenes del Cuerpo se abre con una recreación del célebre tapiz de la Campaña de Túnez de Carlos v en el que se encuentran los más antiguos predecesores de los intendentes del Ejército español. A continuación y con una museografía colorida y desenfadada se explica cómo ha ido variando la administración de los ejércitos a través de la historia, desde las legiones romanas en Hispania hasta el soldado de reemplazo del siglo XX.
El transporte fue una de las principales misiones de la Intendencia. Antiguos modelos a escala de diferentes tipos de carros, como los de horno, cocina y aguada, así lo testimonian.
Las tiendas de campaña, los uniformes y la alimentación de los soldados eran también su responsabilidad, como muestran, en la siguiente sala, numerosos modelos, maquetas y maquinaria de diversa utilidad y época.
La formación de los cadetes tenía una doble vertiente, la militar y la técnica, como documenta el material de laboratorio o el dedicado a actividades físicas que se muestra en la sala dedicada a la antigua Academia.
La penúltima sala hace honor a los principales símbolos de la Intendencia: su primera bandera y estandartes de todas las épocas, retratos de los intendentes Mata y Amorós, su himno, los recuerdos de sus héroes y caídos anónimos, su Patrona, representada por una talla policromada de Santa Teresa del siglo XIX.
Camino del claustro, la última sala del Museo es ocupada por una gran maqueta de ferrocarril para el estudio de la Logística en los años 70. Otros objetos procedentes de la Academia, como un capote para guardias, despiden al visitante por este recorrido por la historia de la Intendencia militar.
