Por Orden de 18 de abril de 1967 se aprueba la propuesta de creación y de ubicación del Archivo General Militar de Guadalajara en el antiguo Cuartel de San Fernando.
La imposibilidad de atender en el Archivo General Militar de Segovia toda la documentación que se iba acumulando en sus depósitos, llevó a la creación de un nuevo centro archivístico que descongestionase los problemas espaciales del archivo segoviano.
La alternativa escogida fue la de desprender de los cometidos del archivo un bloque documental lo suficientemente grande para hacer viable la necesaria recuperación de espacio en los depósitos del Archivo General de Segovia. Por su volumen y especialización, la antigua sección 7ª del archivo –personal de tropa- fue la seleccionada constituyéndose a partir de ella el germen de lo que en 1967 pasó a ser el Archivo General Militar de Guadalajara.
El solar que hoy ocupan los edificios del Archivo General Militar de Guadalajara estuvo ligado desde el siglo XV al Palacio del Infantado siendo su segundo duque quien eligió ese espacio para construir sus caballerizas privadas levantadas entre 1484 y 1487 por el arquitecto Lorenzo de Trillo. En el siglo XVII los Duques marchan a Madrid y nada se sabe de este solar hasta que en el siglo XVIII será ocupado por la Real Fábrica de Paños.
Diversas crisis, la más grave de ellas coincidente con la Guerra de la Independencia, llevaron al cierre de la misma, cesando en 1820 la producción de paños. Una Real Orden de 13 de septiembre de 1833 ordena el traslado de la Academia de Ingenieros desde Arévalo (Segovia) a Guadalajara, que se instalará en el edificio principal e inmuebles anexos de las antiguas fábricas reales hasta febrero de 1924, fecha en que quedó destruida por un incendio, así como su biblioteca y archivo. Noventa años de permanencia en los que, salvo el período entre 1837 y 1839 en que es trasladada a Madrid por las incursiones carlistas, se consolidará como centro superior de enseñanza y marcará la vida social de la ciudad.
Sobre los restos de la Academia se instalará más adelante el acuartelamiento de San Fernando (Ingenieros), cuyas instalaciones se remodelarán en 1967 para albergar un depósito documental que, como Archivo General del Ministerio en Guadalajara, descongestionará los fondos del archivo del Ministerio del Ejército en Madrid y supondrá la solución a los problemas espaciales del archivo General Militar de Segovia.
El archivo, situado en la sede de un viejo acuartelamiento, conserva, pese a las tareas de remozamiento y acondicionamiento que se vienen haciendo regularmente, muchas de las características inherentes al uso anterior. Muchas de las antiguas dependencias e instalaciones, comedor, dormitorio de tropa, cuadras, etc., han sido convertidas en dependencias archivísticas.
Actualmente la superficie del Archivo General Militar de Guadalajara es de 17.839 m2; de los cuales 8.637 m2 están construidos; siendo el volumen total de los edificios 25.833,13 m3 distribuidos en ocho depósitos ubicados en los distintos edificios del Archivo, con una ocupación real de 20.191, 91 m/l.
