El Archivo Cartográfico y de Estudios Geográficos del Centro Geográfico del ejército remonta sus orígenes a 1810, cuando el Consejo de Regencia, durante la Guerra de la Independencia, creó por primera vez el Cuerpo de Estado Mayor y fundó el Depósito de la Guerra como establecimiento destinado a recoger los documentos geográficos, topográficos y militares que los jefes de estado mayor de los ejércitos debían remitir al Estado Mayor General.
La historia del Archivo estuvo ligada a las vicisitudes que experimentaron el Cuerpo de Estado Mayor y el Depósito de la Guerra durante los primeros años de su existencia. En 1838 se crea el Depósito Topográfico y en enero de 1847 se divide en dos secciones, una de Historia y Estadística y otra de Geografía y Topografía, esta última queda afectada al Estado Mayor Central como Sección Cartográfica al desaparecer el Depósito de la Guerra en 1931. Finalizada la Guerra Civil, al reorganizarse el Ministerio del Ejército, se crea el Servicio Geográfico del Ejército.
En cuanto a su sede, desde mediados del siglo XIX, la sede del Ministerio de la Guerra incluyendo las dependencias del Depósito de la Guerra, estuvo en el Palacio de Buenavista de Madrid. Al término de la Guerra Civil, también continuó allí el Servicio Geográfico y Cartográfico del Ejército, que vino a heredar parte de las funciones del desaparecido Depósito de la Guerra.
Cuarenta años más tarde, el 13 de noviembre de 1980, S.M. el Rey Juan Carlos I inauguró el nuevo archivo en las instalaciones del Acuartelamiento "Alfonso X", en el barrio de Campamento, de Madrid, donde permanece actualmente con la denominación de Centro Geográfico del Ejército.