La colección permanente del Museo Histórico Militar de Ceuta incluye más de 450 fondos a través de los que se muestra una interesante parte de la historia de España en general y de la de Ceuta y el Protectorado Español de Marruecos en particular.
Entre sus fondos destacan las tipologías de armas y artillería, con la colección de cañones; la colección de subfusiles, cuya datación se extiende desde principios del siglo XX hasta 1970; la colección de ametralladoras, con piezas como la ametralladora Maxim modelo 1910; o la colección de mosquetones. Los instrumentos científicos y técnicos también se encuentran bien representados, con el conjunto de aparatos topográficos del siglo XX empleados por los ingenieros militares, entre los que se incluyen teodolitos, brújulas o niveles, y la colección de sanidad militar, compuesta por más de 200 piezas procedentes de los desaparecidos hospitales militares de Tetuán y de Ceuta.
En su patio y terraza superior se exponen un obús Vickers de 105/30, un carro avantrén de mortero de 120 mm, cañones de bronce de la época de Felipe III (1613) y un lanzador de cohetes L-21-E-3.
