El museo se organiza en dos plantas, que a su vez presentan sendos recorridos, histórico el de la planta alta y temático el de la planta baja. En la primera nos encontramos con las siguientes salas:
Como introducción en el vestíbulo de esta planta alta se muestra una gran maqueta, en la que se muestra la ciudad tal y como era a finales del siglo XVIII y en la cual relata este hecho de armas.
La conquista de Canarias y el descubrimiento de América
Se exponen fondos cronológicamente relativos a la conquista de Canarias, de las islas de señorío y de realengo durante los siglos XIV y XV. Continuando con el descubrimiento de América donde estas Islas jugaron un papel esencial.
Siglos XVI, XVII y XVIII Fortificaciones y Milicias
Los continuos ataques sufridos por las islas, tanto por piratas como de las potencias marítimas de la época durante estos siglos transcendieron en la creación de las Milicias así́ como de las fortificaciones que fue preciso disponer para defender las mismas. Además se hace una visión de la gran contribución canaria y española en la creación de los EEUU de América.
Victoria de Gutierrez sobre Nelson
Se exhiben los fondos relativos a la Gesta del 25 de julio de 1797, en la que el famoso Contraalmirante Nelson perdió́ su brazo derecho, cuando al mando de una escuadra británica intentó tomar la Plaza de Santa Cruz de Tenerife.
Siglo XIX
Fondos relacionados con guerra de la independencia contra los franceses, la emancipación hispanoamericana y la pérdida de las colonias de ultramar: Cuba y Filipinas.
Siglo XX: Guerra Civil y Mando Económico
Con fondos relativos a la contribución canaria a la Guerra Civil Española y al Mando Económico creado en su posguerra. Debido a las consecuencias derivadas de la Guerra Civil, y sobre todo al bloqueo económico impuesto por las potencias vencedoras y a la política autárquica del gobierno de Franco, se produjo una profunda depresión económica que duro toda la década de los 40. Para paliar parte de las posibles complicaciones añadidas que representaba el aislamiento y la lejanía del archipiélago Canario, el Gobierno reunió en la cabeza del Capitán General de Canarias, la dirección de su Economía, al igual que el mando de las fuerzas de los tres Ejércitos de Tierra, Mar y Aire, creando el Mando Económico el 5 de agosto de 1941 hasta su finalización en 1946.
Siglo XX: África Occidental Español
En la que se muestran fondos relativos a estos territorios africanos de soberanía española, y a las unidades militares que los guarnecieron, que formaban parte del Mando Militar de Canarias.
La planta baja muestra las colecciones de banderas, cartografía y navegación, uniformidad, armas blancas, artillería y telemetría e ingenieros y transmisiones.
En la zona exterior del fuerte y mirador superior podemos encontrar diversos vehículos, y material pesado así como la exposición de cañoneras del frente marítimo.
