El Archivo Intermedio Militar Pirenaico se creó en 1995, con el objetivo de gestionar los documentos producidos en esta región, de acuerdo con la Norma General sobre la Organización de los Archivos Regionales del 20 de noviembre de 1995.
Está situado en la sala superior central del recinto de la Cuartel del Bruch, en unas antiguas cuadras remodeladas para este propósito.
Su finalidad inmediata fue la de recoger el patrimonio documental de las unidades, centros y organismos disueltos por aplicación del Plan NORTE (Nueva organización del Ejército de Tierra) en la demarcación territorial de la Región Militar Pirenaica, como paso previo al establecimiento de los archivos intermedios previstos en el proyecto de nuevo Reglamento de Archivos Militares, entonces en fase de tramitación.
Aunque la previsión de un archivo intermedio para la Región Militar Pirenaica era anterior, el impulso definitivo para su constitución lo da la aprobación del Reglamento de Archivos Militares a finales de 1998 (R.D. 2598/1998, de 4 de diciembre).
En 1999, se trasladan los fondos desde un torreón del Acuartelamiento a dos depósitos provisionales El local, acondicionado como Archivo, se recibe al año siguiente y empiezan los trabajos técnicos.
El Archivo está situado en el ala superior central del recinto del Cuartel del Bruch, en unas antiguas caballerizas remodeladas para tal propósito. Dispone de dependencias de trabajo y depósito con armarios compactos, sala de consulta y de recepción de la documentación. Actualmente los fondos del Archivo ocupan unas instalaciones formadas por tres depósitos. De estos locales sólo dos se utilizan como depósito de archivo propiamente dicho, siendo utilizado el tercero como almacén de cajas sin tratar archivísticamente.
Desde el 1 de enero de 2011 el archivo depende orgánica y funcionalmente del Instituto de Historia y Cultura Militar (Madrid).