La nueva instalación cuenta con cinco espacios expositivos:
BURGOS, PLAZA MILITAR: A la entrada, un gran desfile militar en miniatura nos da la bienvenida y una maqueta nos muestra el valor y el esplendor del que hoy es solo un lugar de esparcimiento ciudadano: el Castillo de Burgos.
LA VIDA MILITAR: En este espacio, uniformes, militaria, instrumentos científicos, material de transmisiones y de sanidad nos hablan de la evolución del Ejército y de la diversidad de la profesión militar a través del tiempo. Entre las piezas que se muestran destaca una máquina de cifrado Enigma que se ha incorporado para la ocasión a la colección permanente del museo.
EL EJÉRCITO EN BURGOS: Hoy han desaparecido muchas unidades y cuarteles familiares para los burgaleses y que en otro tiempo formaban parte de la vida y la fisonomía de la ciudad, pero su recuerdo permanece en el Museo a través de imágenes, objetos artísticos y enseñas. Entre ellos, un gran cofre, obra del orfebre local Maese Calvo, destinado a contener el Libro de Caídos del Regimiento San Marcial.
ACCIONES DE GUERRA: Esta sección se dedica a los episodios históricos más recientes en los que han participado nuestros soldados y a la labor que hoy realiza nuestro Ejército. Temporalmente se muestran en ella cuatro piezas emblemáticas, lo que supone una buena ocasión para conocerlas: dos cuadros de Mariano Bertucci de temática africana, el sable del guerrillero Juan Martín «El Empecinado» y un dolman perteneciente a Jerónimo Merino, «El Cura Merino», ambos destacados protagonistas de la guerra de la Independencia.
SALA DE BANDERAS: Esta sala, la más cargada de simbolismo, permite descubrir la evolución de la Enseña Nacional a través de las banderas y estandartes que enarbolaron diferentes unidades asentadas o vinculadas con Burgos.
