El museo, inaugurado el 11 de junio de 1987, estaba situado en la parte noble de la antigua Academia de Ingenieros del Ejército, edificio cuya primera piedra se colocó en mayo de 1950, hoy Cuartel General de Fuerzas Pesadas, Acuartelamiento «Diego Porcelos». El día 16 de mayo de 2014 se inaugura el museo en su nueva sede en Palacio de Capitanía.
Se conservan multitud de recuerdos y objetos pertenecientes a antiguas unidades militares vinculadas con Burgos y su antigua región militar. En particular, una magnífica colección de banderas cargada de simbolismo e historia y otra de armas ligeras.
En un futuro está prevista la ampliación del museo para así poder exponer su colección de armas ligeras, tanto individuales como colectivas.
El museo comienza esta nueva andadura con vocación de contribuir al mejor conocimiento del patrimonio histórico militar.
